X 染色體有 2000 個～3000 個基因，至少 40%都在大腦裡表達，這個比例要高於其他常染色體，也遠遠超過 Y 染色體。也就是說，X 染色體對大腦結構、認知能力、智力發育等具有巨大的作用。目前已經確定，約有 90 個 X 染色體上的基因會影響智力；有一些生物學的研究認為，決定智商的8對基因位於X染色體。
女性的染色體是 XX，其中一條來自母親，另一條來自父親，所以她的智商同時受到父親和母親的共同影響（中和效應）。由於男性染色體是 XY，Y 染色體一定來自父親，而 X 染色體一定來自於母親，是否兒子的智商是由母親遺傳呢？
實際情況並非如此，即便母親在兒子智力遺傳方面負主要責任，僅憑母親的聰明程度仍然不可能絕對預測兒子的智力水準。
有科學家推測，相對於母親通過 X 染色體遺傳兒子智力，父親是通過常染色體基因影響兒子的大腦和行為。在漫長的進化過程中，X 染色體上的大部分基因都得到了很好的保存；X 染色體的進化並不主要依靠產生新基因，而很大程度上是舊基因產生了新組合。染色體在精子和卵子形成過程中經歷減數分裂，配對的染色體發生聯會、互換、重組。當兒子從母親那裡得到 X 染色體的時候，是已經經過了減數分裂和染色體重組的結果，可能混合了來自他外公和外婆的X染色體。
母親位於 X 染色體上 「天才基因的組合」在遺傳給下一代時被拆散了，並分散傳播下去。期待著再次出現相同「天才基因組合」的機會，也許是 N 代之後的事情。所以，X 染色體上的 「天才基因組合」只是個偶然事件而已，可遇而不可求。
另一方面，當 X 染色體的某個 「智商基因」發生突變時，假設突變成 「天才」基因，或者變成 「蠢材」基因，生出女兒時因為另一條正常 X 染色體具有中和效應而表現不明顯；生出兒子時 Y 染色體上沒有與 X 染色體相對應的基因配對以抵消或遮蔽它，突變的特徵就顯露出來，兒子就表現為 「天才」或者 「蠢材」。因此，母親遺傳和基因突變共同決定兒子的智商，特殊 「天才」或者 「蠢材」往往是巨大基因變異的結果。
最近的研究發現，Y 染色體也影響智力，而常染色體對智力影響較 X 染色體更嚴重。已經發現，約 70 個位於非性染色體上的基因會影響智力。5、9、10、13、18、21、22號染色體異常均導致嚴重智商障礙，相比之下，X 染色體對智力影響實在算不上大。
影響孩子智商的遺傳因素並不是決定性的，後天的培養和塑造更加關鍵。父親母親和子女的智商都有關係，但哪一方都不起決定作用。國際的研究發現，父親和兒子智商的相關度為 0.411，母親和兒子智商的相關度也僅為 0.443（相關度越接近 1，兩者相關性越強），這點差距實在是微乎其微。