不少人認為，人們呼出的難聞氣味是口腔疾病或早晨忘了刷牙所致。然而，現代醫學已經證明很多全身性疾病，如肝、肺、腎、胃有病也會引起口臭，如果經常出現要尋找病因。
　腐敗味—上呼吸道疾病。鼻竇炎、扁桃體炎和咽喉炎等上呼吸道疾病都會分泌大量含蛋白質的黏液，部分形成鼻涕，剩下的從鼻道流入口咽部。這些黏液部分黏附於舌根後部或口咽部，當蛋白質分解後，就會產生腐敗味。
　酸臭味—胃病。胃幽門部狹窄或梗阻時，食物在胃內留置時間過長，會產生酸臭腐敗的氣味，通過口腔散發出來。反流性食管炎等胃病還可導致病理性口臭，黏附在口腔、咽喉部位的嘔吐物不停釋放「酸氣」。通常在積極治療胃病後，口臭能得到顯著改善。
　爛蘋果味—糖尿病丙酮酸中毒。當一個人血糖超標，未加控制時，體內的脂肪分解，就會產生酮體，其中的α-酮戊二酸會發出一種酸酸的爛蘋果味道。
　當呼出這種氣味時，患者體內的酮體濃度已經非常高了，接近或達到糖尿病酮症酸中毒的水準，需要及時就醫，否則會有生命危險。
　尿臊味—尿毒癥。尿臊味多是患有慢性腎炎或腎病的患者發出的。病程進展到慢性腎功能衰竭階段（俗稱尿毒癥）時，由於無尿，某些毒性物質不能排出體外而瀦留於血中，就會使病人呼出的氣體散發出尿味，這是病情趨於危重的信號。
　排泄物臭味—肝衰竭。肝衰竭時，肝臟代謝能力減弱，分解毒素的能力下降，導致血氨升高，使口中出現略帶甜味的排泄物臭味，又被稱為「死亡的氣息」。體內某些支鏈氨基酸代謝能力減弱，還會導致爛蘋果味。
　腐腥臭—肺癌。肺部感染、支氣管炎、肺膿腫、慢性氣管炎、肺炎、肺氣腫甚至肺癌都會引起不同程度的口臭。這些氣味多由積攢於肺部的黏液所致。
　其中，肺 膿腫患者常伴有腐酸性口臭，這類患者往往有發燒、膿性痰等，胸片檢查一般能確診；肺結核咯血、支氣管擴張咯血者常出現血腥味口臭；晚期肺癌患者常于口腔及 呼氣中出現腐腥臭。
　值得一提的是，煙民往往多有一種讓人容易識別的口臭。即使不吸煙，其他人也能通過口臭判斷他是個煙民。
　這類口臭 是留存於肺部解剖死腔的煙霧隨著煙民的呼吸運動逐步呼出，產生帶著「煙味」的口臭。當煙民同時患有肺部疾病時，由於死腔體積進一步增大乃至產生病理死腔， 其臭味可能更為顯著。
　此外，還有些口臭是心理疾病所引起的，如自主神經失調導致的焦慮、失眠或某些精神疾病。